Afgelopen woensdagavond 22 maart mochten Jella en ik presenteren rondom InnerBuddies en de toepassing van A.I. technieken binnen InnerBuddies tijdens de Gezondheidsuniversiteit Verdiept reeks van Maastricht UMC+ die speciaal op het thema “Artificiële Intelligentie en gezondheid(szorg)” was gericht.
Binnen InnerBuddies passen we A.I. technieken op diverse plekken toe.
Genereren van synthetische data
Grote (gelabelde) datasets zijn vaak niet aanwezig in de gezondheidswereld. Dat is in het Microbioom werkveld helemaal het geval. InnerBuddies heeft daarom een A.I. methode ontwikkeld om synthetische FastQ samples te genereren (output bestanden van DNA/RNA sequencers) op basis van bekende bacterie signatures en waarbij we biologische mutaties en errors van de DNA sequencing machine simuleren om te borgen dat de synthetische data zo echt mogelijk is. Hierdoor kunnen we grote gebalanceerde (en gelabelde) datasets genereren waarbij we precies weten wat er in zit. Dit lost tevens het probleem van “bias” op, aangezien echte datasets in de microbioom wereld grote onbalans tussen bacteriën vertoont en bij de synthetische data kunnen we borgen dat alles “gebalanceerd” en “zonder bias” is.
Bacterie herkenning en telling
De output van DNA/RNA sequencers zijn sequenties met lettertjes. Op basis van die DNA sequenties moeten we proberen te herkennen welke bacterie het precies betreft. Hiervoor hebben we als InnerBuddies een model gebouwd wat met de allernieuwste A.I. technologie nauwkeurig bacteriën kan herkennen en tellen. Volgens onze testen is dit model veel nauwkeuriger als de industrie standaard. Het vormt inmiddels de basis van ons InnerBuddies platform.
Spiderweb
Het team doorzoekt veel wetenschappelijke publicaties om de relaties tussen bacteriën en voedingsmiddelen en bacteriën en ziektebeelden in kaart te brengen. Ons spiderweb tool gebruikt A.I. technologie op het vlak van natuurlijke taal om snel in kaart te brengen over de vele wetenschappelijke
artikelen heen hoe de diverse onderdelen met elkaar samenhangen zodat onze experts snel weten welke artikelen ze moeten bekijken voor welke relaties.
Eigen onderzoek
InnerBuddies heeft reeds veel microbioom testen mogen uitvoeren. Klanten geven daarbij toestemming dat hun data gebruikt mag worden voor wetenschappelijk onderzoek. Naast de microbioom testdata vullen klanten tevens een voedingsdagboek en vragenlijst in. Via de allernieuwste A.I. technologie (Graph Neural Networks) gaan we nu relaties tussen deze onderdelen in kaart brengen.
